Kanser Genom Atlası - The Cancer Genome Atlas

Kanser Genom Atlası ( TCGA ), genom dizileme ve biyoinformatik kullanarak kanserden sorumlu genetik mutasyonları kataloglamak için 2005 yılında başlatılan bir projedir . TCGA , bu hastalığın genetik temelini daha iyi anlayarak kanseri teşhis etme, tedavi etme ve önleme yeteneğini geliştirmek için yüksek verimli genom analiz teknikleri uygular .

TCGA tarafından denetlenmektedir Ulusal Kanser Enstitüsü 'ın Kanser Genom Merkezi'nin ve Ulusal İnsan Genomu Araştırma Enstitüsü , ABD hükümeti tarafından finanse. 2006'da başlayan üç yıllık bir pilot proje, üç tip insan kanserinin karakterizasyonuna odaklandı: glioblastoma multiforme , akciğer ve yumurtalık kanseri . 2009 yılında, 2014 yılına kadar 20-25 farklı tümör tipinin genomik karakterizasyonunu ve dizi analizini tamamlamayı planlayan faz II'ye genişledi. TCGA, 10 nadir kanser dahil 33 kanser türünü karakterize ederek bu hedefi aştı. Finansman, dizilemeyi gerçekleştiren genom karakterizasyon merkezleri (GCC'ler) ve biyoinformatik analizleri gerçekleştiren genom veri analiz merkezleri (GDAC'ler) arasında bölünür.

Proje, çoğu genomik çalışmadan daha fazla olan 500 hasta örneğini planladı ve hasta örneklerini analiz etmek için farklı teknikler kullandı. Teknikler, gen ekspresyon profili oluşturmayı , kopya sayısı varyasyon profili oluşturmayı, SNP genotiplemeyi , genom çapında DNA metilasyon profili oluşturmayı, mikroRNA profili oluşturmayı ve en az 1.200 genin ekson dizilimini içerir. TCGA, en az 6.000 aday gen ve mikroRNA dizileri dahil olmak üzere bazı tümörlerin tüm genomlarını diziliyordu. Bu hedeflenen sıralama, hibrit yakalama teknolojisi kullanılarak üç sıralama merkezinin tamamı tarafından gerçekleştirilmektedir . Faz II'de, TCGA, vakaların %100'ünde tam ekzom ve tam transkriptom dizilimi ve projede kullanılan vakaların %10'unda tam genom dizilimi gerçekleştiriyordu.

Hedefler

Pilot projenin amacı, oluşturulan genomik veri setinden istatistiksel ve biyolojik olarak anlamlı sonuçlar elde etmek için çeşitli kurumlardan bir bilim insanı ekibi tarafından ileri genomik teknolojilerin kullanılabileceğini göstermekti. Pilot aşamada, Glioblastoma Multiforma (GBM) ve Yumurtalık Kistadenokarsinomu olmak üzere iki tümör tipi araştırıldı. TCGA Faz II'nin amacı, pilot projede elde edilen başarıyı daha fazla kanser türüne yaymak ve daha fazla keşif için büyük, istatistiksel olarak anlamlı bir veri seti sağlamaktır.

Yönetmek

TCGA, Ulusal Kanser Enstitüsü (NCI) ve Ulusal İnsan Genomu Araştırma Enstitüsü'nden (NHGRI) bilim adamları ve yöneticiler tarafından ortaklaşa yönetilmektedir. TCGA'nın Ekim 2009'da pilot aşamadan Aşama II'ye genişletilmesiyle, NCI bir TCGA Program Ofisi oluşturdu. Jean Claude Zenklusen, Ağustos 2013'ten bu yana ofisin direktörüdür. Bu ofis, altı Genom Karakterizasyon Merkezi, yedi Genom Analiz Merkezi, Biyoörnek Çekirdek Kaynağı, Veri Koordinasyon Merkezi ve yaklaşık üçte birinin işletilmesinden sorumludur. üç Genom Dizileme Merkezi tarafından proje için yapılan dizileme. Ayrıca, TCGA Proje Ofisi, TCGA için doku tahakkukunu koordine etmekten sorumluydu. NHGRI proje yöneticisi Dr. Carolyn Hutter, Genom Dizileme Merkezlerinde dizilemenin üçte ikisini yönetiyor.

Proje, NCI ve NHGRI üyelerinden oluşan bir proje ekibi tarafından yönetilmektedir. Bu ekip, proje tarafından finanse edilen baş araştırmacılarla birlikte Yönlendirme Komitesini oluşturur. Yönlendirme Komitesi, projenin bilimsel geçerliliğini denetlemekle görevlendirilirken, NCI/NHGRI proje ekibi, projenin bilimsel ilerleme ve hedeflerine ulaşılmasını, projenin zamanında ve bütçeye uygun olarak tamamlanmasını ve projenin çeşitli bileşenlerinin koordinasyonunu sağlar. proje.

Doku tahakkuku

Doku gereksinimleri doku tipinden doku tipine ve kanser tipinden kanser tipine değişiyordu. Projenin Hastalık Çalışma Gruplarından hastalık uzmanları, Amerika Birleşik Devletleri'nde "bakım standardı" olarak tahakkuk eden tipik doku örneklerinin özelliklerini ve TCGA'nın dokuyu en iyi şekilde nasıl kullanabileceğini tanımlamaya yardımcı oldu. Örneğin, Beyin Hastalığı Çalışma Grubu, %50'den fazla nekroz içeren numunelerin TCGA için uygun olmayacağını ve tümörün canlı kısmında %80 tümör çekirdeğinin gerekli olduğunu belirledi. TCGA, herhangi bir tümör türünden numune toplamak için bir başlangıç ​​noktası olarak bazı genel yönergeleri izlemiştir. Bunlar, boyut olarak minimum 200  mg , en az %80 tümör çekirdeği ve eşleştirilmiş bir germline DNA kaynağı (kan veya saflaştırılmış DNA gibi ) içerir. Ek olarak, TCGA'ya doku gönderen kurumların, Hastalık Çalışma Grubu tarafından tanımlanan asgari klinik veri setine, kurumlarının IRB'si tarafından onaylanmış imzalı onamlara ve TCGA ile bir malzeme transfer anlaşmasına sahip olmaları gerekir.

2009 yılında, NCI, NCI Satın Alma Ofisi aracılığıyla doku tahakkukunu ve çeşitli diğer faaliyetleri finanse etmek için NCI'nin Science Applications International Corporation (SAIC) ile yaptığı "Ana Sözleşmeden" yaklaşık 130 milyon $'lık ARRA'yı çıkardı. Sırasıyla satın alma siparişleri ve sözleşmeler oluşturmak için "Teklif Talepleri" (RFQ'lar) ve "Teklif Talepleri" (RFP'ler) kullanılarak NCI aracılığıyla doku tahakkuku için 42 milyon $ mevcuttu. RFQ'lar öncelikle yerleşik bankalardan geriye dönük örneklerin toplanması için kullanılırken, RFP'ler ileriye dönük örnek toplama için kullanılır. TCGA, yaklaşık 20.000 biyoörnek ile Aralık 2013'te numune toplama işlemini tamamladı.

TCGA'ya numune katkısında bulunan kurumlara ödeme yapılır ve TCGA benzersiz tanımlayıcısı ile kendi benzersiz tanımlayıcısı arasında bir bağlantı korunurken numunelerinde oluşturulan moleküler verilere erişim sağlanır. Bu, katkıda bulunan kurumların numuneleri için klinik verilere geri bağlanmasına ve TCGA numuneleri hakkında benzer verilere sahip diğer kurumlarla işbirliklerine girmesine izin vererek sonuç analizinin gücünü artırır.

organizasyon

TCGA, veri üretmek ve analiz etmek için finanse edilen bir dizi farklı merkeze sahiptir. TCGA, biyoinformatik keşif için önemli kaynaklar içeren NIH tarafından finanse edilen ilk büyük ölçekli genomik projedir. NCI, biyoinformatik keşfi finanse etmek için TCGA tarafından tahsis edilen fonların %50'sini (yaklaşık 12 milyon $/yıl) ayırdı. Genom Karakterizasyon Merkezleri ve Genom Dizileme Merkezleri veri üretir. İki tür Genom Veri Analiz Merkezi, verileri biyoinformatik keşif için kullanır. Hasta örneklerinden biyomolekülleri izole etmek için iki merkez ve verileri depolamak için bir merkez finanse edilmektedir. TCGA proje organizasyonu hakkında daha fazla bilgi için bkz. http://cancergenome.nih.gov/newsevents/multimedialibrary/interactives/howitworks .

Biyoörnek ana kaynağı

Biospecimen Core Resource (BCR), doku kaynak bölgeleri tarafından nakledilen dokunun kalitesinin ve miktarının doğrulanmasından, numunelerden DNA ve RNA izolasyonundan, bu biyomoleküllerin kalite kontrolünden ve numunelerin GSC'lere ve GCC'lere gönderilmesinden sorumludur. Pilot proje için BCR'yi başlatmak için sözleşme Uluslararası Genomik Konsorsiyumu'na verildi. Tam projenin başlangıcında NCI tarafından finanse edilen iki BCR vardı: Nationwide Children's Hospital ve International Genomics Consortium. BCR'ler, 4 Haziran 2010'daki teklifler için son tarih ile yeniden yarıştı ve Nationwide Çocuk Hastanesi sözleşmeye layık görüldü.

Genom dizileme merkezleri

Üç Genom Dizileme Merkezi, NCI ve NHGRI tarafından ortak finanse edildi: Broad Institute , Washington Üniversitesi'ndeki McDonnell Genome Enstitüsü ve Baylor Tıp Fakültesi. Bu dizileme merkezlerinin üçü de, çeşitli NGS teknolojileri aynı anda uygulanıyor olsa da, Sanger dizilemesinden yeni nesil dizilemeye (NGS) geçmiştir.

Genom karakterizasyon merkezleri

NCI yedi Genom karakterizasyon merkezini finanse etti: Broad Institute, Harvard, University of North Carolina, MD Anderson Cancer Center, Van Andel Institute, Baylor College of Medicine ve British Columbia Cancer Center.

Veri koordinasyon merkezi

Veri koordinasyon merkezi, TCGA verilerinin merkezi deposudur. TCGA veri tabanına giren verilerin kalite kontrolünden de sorumludur. DCC ayrıca, kullanıcıların TCGA verilerine eriştiği TCGA Veri Portalını da yönetir. Bu çalışma, SRA International , Inc'den biyoinformatik bilim adamları ve geliştiriciler tarafından sözleşmeli olarak gerçekleştirilir . DCC, daha düşük seviyelerde dizi verisi barındırmaz. NCI Kanser Genomik Hub (CGHub), depolama kataloglama ve dizi ile ilişkili verilerin ulaşması için güvenli bir depodur. Bu çalışma, Kaliforniya Üniversitesi, Santa Cruz Genomik Enstitüsü'ndeki bilim adamları ve personel tarafından gerçekleştirilir .

Genom veri analiz merkezleri

NCI/NHGRI tarafından finanse edilen yedi Genom veri analiz merkezi, verilerin tüm karakterizasyon ve sıralama merkezlerinde entegrasyonundan ve ayrıca TCGA verilerinin biyolojik yorumlanmasından sorumludur. GDAC'ler, The Broad Institute, University of North Carolina, Oregon Health and Science University, University of California, Santa Cruz, MD Anderson Kanser Merkezi, Memorial Sloan Kettering Kanser Merkezi ve Sistem Biyolojisi Enstitüsü'nü içerir. Yedi GDAC'nin tümü, otomatik veri analizi için bir analiz hattı geliştirmek üzere birlikte çalışır.

tümörler

TCGA'nın çalışması için bir ön tümör listesi, SEER Kanser İstatistikleri web sitesinden insidans ve hayatta kalma istatistikleri derlenerek oluşturulmuştur. Ek olarak, TCGA, ek tedaviden önce rezeksiyonun standart bakım olduğu tümör tiplerini hedeflediğinden, ilk 25 tümör tipi seçilirken ABD'deki mevcut “Bakım Standardı” dikkate alınmıştır. Numunelerin mevcudiyeti, hangi tümör tiplerinin çalışılacağının ve tümör projelerinin hangi sırayla başlatılacağının belirlenmesinde de kritik bir rol oynar. Tümör ne kadar yaygınsa, örneklerin hızlı bir şekilde toplanma olasılığı o kadar yüksek olur ve bu da kolon, akciğer ve meme kanseri gibi yaygın tümör türlerinin, nadir görülen tümör türlerinden önce projeye giren ilk tümör türleri haline gelmesine neden olur.

TCGA Hedefli Tümörler: akciğer skuamöz hücreli karsinom , böbrek papiller karsinom , berrak hücreli böbrek karsinomu , meme duktal karsinomu , renal hücreli karsinom , rahim ağzı kanseri (skuamöz), kolon adenokarsinomu , mide adenokarsinomu , rektal karsinom , hepatoselüler karsinom (ağız ve boyun kanseri ) skuamöz hücre karsinoması, tiroid karsinoması , mesane ürotelyal karsinoma - nonpapillary, uterin korpus ( endometriyal karsinom ), pankreas duktal adenokarsinom , akut miyeloid lösemi , prostat adenokarsinomu , akciğer adenokarsinomu , kutanöz melanoma , meme lobüler karsinom ve düşük dereceli glioma , yemek borusu kanseri , yumurtalık seröz kistadenokarsinom , akciğer, skuamöz hücre karsinomu , adrenokortikal karsinoma , Diffüz büyük B hücreli lenfoma , paraganglioma ve feokromositoma , kolanjiyokarsinom , rahim karsinosarkom , uveal melanom , timoma , sarkom , mezotelyom ve germ hücreli kanser.

TCGA, tüm bu tümör tipleri için eş zamanlı olarak numune topladı. Numuneler geldikçe en fazla numune alınan tümör tipleri üretime alındı. Daha nadir tümör tipleri, numune toplamanın zor olduğu tümör tipleri ve TCGA'nın yüksek kaliteli numune kaynağı belirleyemediği tümör tipleri için, bu kanser türleri projenin ikinci yılında “TCGA üretim hattına” girdi. Bu, TCGA Program Ofisine proje için yeterli numune toplaması için ek süre verdi.

Yayınlar

7 Aralık 2017 itibariyle ilerleme
Çalışılan Kanser Türü son

Orijinal Marker Kağıdında Analiz Edilen Sayı

Herkese Açık Veriler TCGA Analiz Bulguları
glioblastoma multiforme 206 x GBM alt tipleri Klasik, Mezenkimal ve Pronöral sırasıyla EGFR , NF1 ve PDGFRA / IDH1 mutasyonları ile tanımlanır ; tümörlerin %40'ından fazlasının kromatin değiştirici genlerde mutasyonları vardır; diğer sık mutasyona uğramış genleri TP53 , PlK3R1 , PIK3CA , IDH1 , PTEN , RB1 , LZTR1
Düşük Dereceli Glioma 293 x Hasta prognozu ile korele üç alt tipi tanımlanmıştır: IDH1 mutantı ile 1P / 19q silme, IDH mutantı 1P / 19q silinmesi ve olmayan IDH vahşi tip; IDH vahşi tipi genomik olarak glioblastoma benzer
Meme Lobüler Karsinomu 203 x Duktal karsinomdan farklı lobüler karsinom; FOXA1 lobüler karsinomda yükseldi , GATA3 duktal karsinomda yükseldi; PTEN kaybı ve Akt aktivasyonu için zenginleştirilmiş lobüler karsinom
Meme Duktal Karsinomu 784 x Dört farklı genomik alt tip: bazal, Her2, luminal A, luminal B; en yaygın sürücü mutasyonları TP53 , PIK3CA , GATA3 ; seröz yumurtalık kanserine benzer bazal alt tip
Kolorektal Adenokarsinom 276 x Kolon ve rektum kanserleri benzer genomik profillere sahiptir; hipermutasyona uğramış alt tip (örneklerin %16'sı) çoğunlukla sağ kolonda bulunur ve olumlu prognozla ilişkilidir; yeni potansiyel sürücüler: ARID1A , SOX9 , FAM123B / WTX ; aşırı ekspresyonu: ERBB2 , IGF2 ; WNT yolundaki mutasyonlar
Mide Adenokarsinomu 295 x Tanımlanmış dört alt tip: Epstein-Barr virüsü enfeksiyonu ile karakterize edilen EBV, hipermutasyon ile karakterize edilen MSI (mikro uydu kararsızlığı), genomik stabilite ile karakterize edilen GS, kromozomal kararsızlık ile karakterize edilen CIN; Tirozin kinazlardaki mutasyonlar için zenginleştirilmiş CIN
Özofagus Karsinomu 164 x Skuamöz hücre ve adenokarsinom moleküler olarak farklıdır; skuamöz hücreli karsinomlar, baş ve boyun skuamöz hücreli karsinomlarına benzerdi ve sıklıkla CCND1, SOX2 ve TP63 amplifikasyonlarına sahipti; adenokarsinomlar kromozomal olarak stabil olmayan gastrik adenokarsinomlara benzerdi ve ERBB2, VEGFA, GATA4 ve GATA6'da sık amplifikasyonlara sahipti
Yumurtalık Seröz Kistadenokarsinomu 489 x Mutasyonlar TP53 çalışılan vakaların% 96 oluştu; BRCA1 ve BRCA2'deki mutasyonlar vakaların %21'inde meydana geldi ve daha olumlu sonuçlarla ilişkilendirildi
Uterin Korpus Endometrial Karsinomu 373 x Endometriyal kanserler dört kategoride sınıflandırılır: POLE ultramutasyonlu, MSI (mikro uydu kararsızlığı) hipermutasyonlu, kopya sayısı düşük ve kopya sayısı yüksek; Rahim seröz karsinomları, yumurtalık seröz ve bazal benzeri Meme karsinomlarına benzerdi ve rahim endometrioid karsinomlarından daha az olumlu prognoza sahipti
Servikal Skuamöz Hücreli Karsinom ve Adenokarsinom 228 x KRAS , ARID1A ve PTEN genlerinde mutasyon bulunan HPV negatif, endometriyal benzeri rahim ağzı kanserlerinin tanımlanması ; CD274 ve PDCD1LG2 bağışıklık kontrol noktası genlerinin amplifikasyonu ; de dahil olmak üzere genlere değişiklikler MED1 , ErbB3 , CASP8 , HLA-A ve TGFBR2 ve lncRNA içeren füzyonlar BCAR4 ; numunelerin yaklaşık dörtte üçü, PI3K/MAPK ve TGF-beta sinyal yollarından birinde veya her ikisinde değişikliklere sahipti
Baş ve Boyun Skuamöz Hücreli Karsinomu 279 x HPV ve sigarayla ilişkili kanserlerin tanımlanmış genomik özellikleri: Kısaltılmış veya silinmiş TRAF3 ile karakterize edilen HPV-pozitif , 11q13 ve 11q22'nin birlikte amplifikasyonu ile karakterize edilen HPV-negatif, TP53 mutasyonları ile karakterize edilen sigarayla ilgili , CDKN2A inaktivasyonu ve kopya sayısı değişiklikleri
Tiroid Karsinomu 496 x Çoğunluk RAS veya BRAFV600E mutasyonları tarafından yönlendirilir ; bu mutasyonlar tarafından yönlendirilen tümörler farklıdır
Akut miyeloid lösemi 200 x Tümör başına ortalama olarak sadece 13 kodlama mutasyonu ile düşük mutasyon yükü; sürücü olaylarını, transkripsiyon faktörü füzyonları, histon değiştirici mutasyonlar, spliceosome mutasyonları ve diğerleri dahil olmak üzere dokuz kategoride sınıflandırdı
Kutanöz Melanom 331 x Dört alt tip oluşturuldu: BRAF mutantı, RAS mutantı, NF1 mutantı ve sürücü mutasyonlarına dayalı üçlü vahşi tip; daha iyi hasta sağkalımı ile ilişkili daha yüksek immün lenfosit infiltrasyonu seviyeleri
Akciğer Adenokarsinomu 230 x Yüksek mutasyon yükü; Tümörlerin %76'sı reseptör tirozin kinaz yolaklarının aktivasyonunu gösterdi
Akciğer Skuamöz Hücreli Karsinom 178 x Yüksek ortalama mutasyon sayısı ve kopya sayısı sapmaları; yumurtalık seröz kistadenokarsinom gibi, neredeyse tüm akciğer skuamöz hücreli karsinomlar TP53'te bir mutasyon içeriyordu ; HLA-A'da kanserin bağışıklık tespitinden kaçınmasına yardımcı olabilecek inaktive edici mutasyonlar içeren birçok tümör
Berrak Hücreli Böbrek Hücreli Karsinom 446 x Yaygın olarak mutasyona uğramış genler arasında oksijen algılamada yer alan VHL , global hipometilasyonla sonuçlanan epigenetik modifikasyonlarda yer alan SED2 ve PI3K/AKT/mTOR yolunun genleri; 'Warburg etkisine' benzer metabolik kayma, kötü bir prognozla ilişkilidir
Böbrek Papiller Karsinomu 161 x Tip 1 tümörlerin %81'i MET'de bir değişiklik içeriyordu; tip 2 tümörlerin genomik profilleri, CDKN2A, SETD2, TFE3'te değişiklikler veya NRF2-ARE yolunun artan ekspresyonu ile heterojendi; CDKN2A ve CpG adası metilasyon fenotipinin ekspresyon kaybı, kötü sonuçla ilişkilendirildi
İnvaziv Ürotelyal Mesane Kanseri 131 x Sigara içmek artan risk ile ilişkilidir; sıklıkla mutasyona uğramış genler arasında tümörlerin %76'sında inaktive olan TP53 ve tümörlerin % 44'ünde değiştirilmiş reseptör tirozin kinaz (RTK)/RAS yollarındaki genler olan ERBB2 (HER2);
prostat adenokarsinomu 333 x Bilinmeyen moleküler değişiklikler tarafından yönlendirilen numunelerin %26'sı ile oldukça heterojen; ETS transkripsiyon faktör geni, füzyonları ya da mutasyonları aracılığıyla tanımlanmış 7 alt tipi SPOP , FOXA1 veya IDH1 ; PI3K, MAPK ve DNA onarım yollarında eyleme geçirilebilir lezyonlar
Kromofob Böbrek Hücreli Karsinomu 66 x Son derece düşük mutasyon yükü; karsinom, esas olarak proksimal bölgelerden gelen berrak hücreli karsinom ile karşılaştırıldığında böbreğin daha uzak bölgelerinden kaynaklanır; berrak hücreli karsinomda gözlenen 'Warburg etkisi' kaymasından farklı metabolik kayma; TP53 ve PTEN tümör baskılayıcı genler sıklıkla mutasyona uğradı; TERT gen promotörü sıklıkla değiştirildi
Adrenokortikal Karsinom 91 x IGF2'nin aşırı ekspresyonu, TP53 , PRKAR1A ve diğer genlerdeki mutasyonlar ve kopya sayısı değişiklikleri ortak özelliklerdi; hipoploidi ve ardından tüm genom ikiye katlanması, tümör gelişiminin itici bir mekanizması olabilir
Paraganglioma ve Feokromositoma 173 x Dört farklı alt tip: Wnt ile değiştirilmiş, kortikal karışım, psödohipoksi ve kinaz sinyali; MAML3 füzyon geni ve CSDE1 somatik mutasyonu, kötü prognozu, Wnt-değiştirilmiş alt tipi tanımlar ve yönlendirir
kolanjiokarsinom 38 x CDKN2, BAP1 ve ARID1 genlerinin düşük ifadesi ve FGFR2 ve IDH1/2 genlerinin aşırı ifadesi; dört alt tip, bir alt tip, IDH'deki değişiklikler, ARID1A'nın susturulması ve diğer kromatin değiştiricilerin düşük ifadesi ve yüksek mitokondriyal gen ifadesi ile karakterize edilir; BAP1 mutasyonları ve FGFR2 gen füzyonları ile karakterize edilen başka bir alt tip; kanser, IDH veya FGFR mutasyonları olan bir karaciğer karsinom alt grubu ile sürekli bir spektrumda var olabilir
Karaciğer Hepatosellüler Karsinom 363 x Telomerlerin uzaması ve CDKN2A'nın susturulması ile ilişkili tümörlerin %44'ünde tanımlanan TERT promotör mutasyonları; TP53 yaygın olarak mutasyona uğramış veya az ifade edilmiş; CTNNBB1 önemli ölçüde mutasyona uğradı; yüksek düzeyde lenfosit infiltrasyonu veya aşırı eksprese edilmiş bağışıklık kontrol noktası genleri CTLA4, PD-1 ve PD-L1 olan birçok tümör
Pankreas Duktal Adenokarsinomu 150 x Düşük neoplastik hücreselliği daha iyi analiz etmek için derin ve hedefli dizileme kullanıldı; Tümörlerin %93'ünde bulunan KRAS mutasyonları; RREB1 veya RAS-MAPK sinyal yolunun diğer üyelerindeki mutasyonlar
Rahim Karsinosarkomu 57 x Güçlü ve çeşitli bir epitelyal-mezenkimal geçiş derecesi tanımladı; Örneklerin %91'inde mevcut TP53 mutasyonları; PI3K'daki değişiklikler örneklerin yarısında mevcut
Uvea Melanom 80 x BAP1'deki karmaşık mutasyonlar; dizomi 3 (D3) ve monozomi 3 (M3) alt tiplerinin farklı alt bölümlerini tanımladı; M3'te, birbirini dışlayan EIF1AX ve SRSF2/SF3B1 mutasyonlarının farklı metilasyon profilleri ve prognozları vardır
timoma 124 x
sarkom 206 x TP53, ATRX ve RB1, sarkom tipleri arasında tekrar tekrar mutasyona uğrayan birkaç gen arasında; karmaşık karyotip sarkomlarında sıklıkla meydana gelen, p53 ve RB1 hücre döngüsünü ve diğer yolları etkileyen kopya sayısı değişiklikleri; sinovyal sarkom sarkomları, SSX1 veya SSX2 ve TERT'de füzyonları ifade etti; Farklılaşmamış liposarkom için, JUN amplifikasyonu daha kötü sağkalım ile ilişkilidir; leiomyosarkomda değiştirilmiş PI3K-AKT-mTOR yolu; farklılaşmamış pleomorfik sarkom ve miksofibrosarkom, Hippo yolundaki değişikliklerden kaynaklanabilir
mezotelyoma 87 x
Testis Germ Hücre Kanseri 150 x

Glioblastoma multiforme

2008'de TCGA , Nature'da Glioblastoma multiforme (GBM) ile ilgili ilk sonuçlarını yayınladı . Bu ilk sonuçlar, 91 tümör-normal eşleştirilmiş çiftte yayınlandı. Çalışma için 587 biyoörnek toplanırken, çoğu kalite kontrol sırasında reddedildi: tümör örneklerinin en az %80 tümör çekirdeği ve %50'den fazla nekroz içermesi gerekiyordu ve ikincil bir patoloji değerlendirmesinin orijinal GBM tanısının kabul edilmesi gerekiyordu. doğruydu. Toplanan DNA veya RNA, bu çalışmada kullanılan tüm farklı platformlar tarafından analiz edilecek yeterli kalitede veya miktarda olmadığı için son bir numune grubu hariç tutulmuştur.

Makaledeki tüm veriler ve yayından bu yana toplanan veriler, kamu erişimi için Veri Koordinasyon Merkezi'nde (DCC) kamuya açıktır. TCGA verilerinin çoğu, belirli hastaları potansiyel olarak tanımlayabilecek veriler dışında tamamen açık erişimdir. Bu Klinik Kontrollü Erişim verilerine, son kullanıcının gerçek bir araştırmacı olup olmadığını değerlendiren ve bireysel düzeydeki verilere erişimi hak eden meşru bir bilimsel soru soran Veri Erişim Komitesi'ne (DAC) yapılan başvuru yoluyla erişilebilir. Bu süreç, dbGAP dahil olmak üzere NIH tarafından finanse edilen diğer programlarınkine benzer .

İlk işaretleyici makalenin yayınlanmasından bu yana, TCGA Ağı içindeki birkaç analiz grubu, glioblastoma verilerinin daha ayrıntılı analizini sunmuştur . Roel Verhaak, PhD, Katherine A. Hoadley , PhD ve D. Neil Hayes , MD tarafından yönetilen bir analiz grubu , glioma gen ekspresyon alt tiplerini genomik anormallikler ile başarılı bir şekilde ilişkilendirdi . DNA metilasyonu Houtan Noushmehr, PhD ve Peter Laird, PhD yol veri analiz takımı, tanımlanan ayrı bir alt-kümesi , glioma bir glioma- varlığını gösteren görüntüler lokusların büyük sayıda hipermetilasyon uyumla örnekleri, CpG ada Metilatör fenotipi ( G -CIMP ). G-CIMP tümörler proneural alt grubuna aittir ve sıkı bir şekilde bağlantılı edildi IDH1 somatik mutasyonlar.

seröz yumurtalık

Kanser genom dizilemesinde yeni bir dönem başlatan TCGA , Haziran 2011'de Nature'da 316 yüksek dereceli seröz yumurtalık kanseri tümör örneğinin ekzom dizilimini bildirdi .

kolorektal karsinom

TCGA , Temmuz 2012'de Nature'da , 97 örneğin tüm genom dizilimini de içeren 276 kolon ve rektum kanseri tümör örneğinin ekzom dizilimi ve gen ekspresyon analizi hakkında rapor verdi . Yakın zamanda, Kolorektal Kanser Atlası ( http://colonatlas. org ) TCGA ve hücre hatlarından kolorektal kanser dokularına ait genomik ve proteomik verilerin entegre edilmesi geliştirilmiştir.

2013 itibariyle durum: 12 yaygın kanser alt tipinin mutasyonel görünümü

2013 yılında TCGA, yaygın olarak görülen 12 kanser alt tipinden 3.281 tümörün ekzom dizilemesinden tanımlanan sıklıkla tekrarlayan mutasyonlar olarak tanımlanan "mutasyonel manzara"nın bir tanımını yayınladı . İncelenen on iki alt tip meme adenokarsinomu , akciğer adenokarsinomu , akciğer skuamöz hücreli karsinom , endometriyal karsinom , glioblastoma multiforme , baş ve boyun skuamöz hücreli karsinomu , kolon kanseri , rektal kanser , mesane kanseri , böbrek berrak hücreli karsinom , yumurtalık karsinomu ve akut mye idi. lösemi .

Ayrıca bakınız

Referanslar

Dış bağlantılar