McDonnell Genom Enstitüsü - McDonnell Genome Institute

McDonnell Genom Enstitüsü
Kurulmuş 1993
Araştırma alanı
Yönetmen Jeffrey Milbrandt
yer St. Louis, Missouri
Üyelikler
İnternet sitesi genome.wustl.edu
McDonnell Genom Enstitüsü'nün yeri

St. Louis , Missouri'deki Washington Üniversitesi'ndeki McDonnell Genom Enstitüsü ( Elizabeth H. ve James S. McDonnell III Genom Enstitüsü ) , Amerika Birleşik Devletleri'ndeki NIH tarafından finanse edilen üç büyük ölçekli dizileme merkezinden biridir . İle Bağlı Washington Üniversitesi Tıp Okulu'nda ve Alvin J. Siteman Kanser Merkezi'nde , McDonnell Genom Enstitüsü test ve çalışmalarına yeni yaklaşımlar uygulayan, yaratıyor genomik sıra sıra, anlayış insan sağlığı ve hastalığın amacı ile evrim ve biyoloji diğer organizmaların.

Tarih

1993 yılında kurulan McDonnell Genom Enstitüsü, daha önce Genom Dizileme Merkezi ve Genom Enstitüsü, İnsan Genom Projesinde temel bir oyuncu olarak başladı ve sonuçta bitmiş dizinin yüzde 25'inden fazlasına katkıda bulundu. 2000 yılında insan genomunun çalışma taslağının ve 2003 yılında tamamlanan insan genom dizisinin tamamlanmasının ardından, McDonnell Genom Enstitüsü, bu türler için ilk referans dizilerini sağlamak için dizileme ve analiz becerilerini diğer birçok organizmanın genomlarını belirlemeye çevirdi. . 2014 yılında, sivil liderler ve uzun süredir hayırseverler Elizabeth H. ve James S. McDonnell III, Washington Üniversitesi'nde Elizabeth H. ve James S. McDonnell III Genom Enstitüsü olarak yeniden adlandırılan Genom Enstitüsü'ne 25 milyon dolar taahhüt ettiler.

Projeler

  • Kanser Genom Atlası , kanser için önemli olan genetik değişiklikleri tanımlamak için yetişkin kanser hastalarının DNA dizilerini ve tümörlerini karşılaştırır.
  • İnsan Mikrobiyom Projesi , insan sağlığı ve hastalığına karışan mikropların genomlarını sıralamaktadır.
  • 1000 Genomes Projesi , genetik koda yazılan muazzam insan varyasyonunu kataloglamaya çalışıyor.
  • Washington Üniversitesi Kanser Genom Girişimi, yüzlerce tümör ve normal numune genomunun dizilenmesini sağlar.
  • Pediatrik Kanser Genom Projesi, dünyanın en ölümcül çocukluk çağı kanserlerinden bazılarına yol açan genetik değişiklikleri belirlemek için St. Jude Çocuk Araştırma Hastanesi ile yapılan bir işbirliğidir .
  • Tıbbi Sıralama, hasta tedavisini kişiselleştirmeye yardımcı olmak için metabolik sendromlar ve görmeyle ilgili bozukluklar gibi hastalıkların dizilerini hedefler.

Personel

McDonnell Genom Enstitüsü, çeşitli disiplinlerden 300'ün üzerinde tam zamanlı öğretim üyesi ve personeli istihdam etmektedir. Çekirdek personel şunları içerir:

Jeffrey Milbrandt , MD, PhD: Dr. Milbrandt, McDonnell Genom Enstitüsü'nün İcra Direktörüdür.

Aktiviteler

Tüm Genom Yeniden Dizileme: Tüm Genom Yeniden Dizileme Grubu, kansere büyük önem verilerek insan hastalıkları genomik araştırmaları için örnek alımı, üretim dizilimi ve dizi analizi ardışık düzenlerini geliştirmeye ve optimize etmeye odaklanır.

De Novo Assembly: De Novo Assembly Group, çeşitli türlerin genomlarının sıralı parçalarını almaktan ve bunları mümkün olduğunca bitişik ve doğru bir şekilde bir araya getirmekten sorumludur.

Mikrobiyal Genomik: Mikrobiyal Genomik Grubu, tek tek bakterilerin sıralanmasından mikrobiyal türlerin popülasyon genomik çalışmalarına ve karmaşık metagenomik örneklerin analizine kadar bir dizi etkinliği temsil eder.

Hedefli Yeniden Dizileme: Hedefli Yeniden Dizileme Grubu, PCR ve hibrit seçim teknikleri dahil olmak üzere birkaç farklı yöntemi kullanarak genomların spesifik bölgelerini diziler.

Transkriptomlar: Transkriptomlar Grubu, yeni nesil RNA dizilimine dayalı olarak, transkriptomların sıralanması ve analizinin çeşitli yönleri üzerinde çalışır.

Veri

McDonnell Genom Enstitüsü, uygun kalite analizini bekleyerek tüm sekans verilerini araştırma topluluğunun kullanımına sunar. Bu verilerin bir kısmı başlangıç ​​niteliğindedir ve ihmallere ve hatalara tabidir. Veriler ayrıca yeni verilerin ve montaj sürümlerinin mevcudiyetine göre değişir.

Gereğince NHGRI 'ın veri bırakma politikası, tüm kullanıcılar veri kaynağı olarak McDonnell Genom Enstitüsü kabul etmesi gerekir.

Sosyal Yardım

McDonnell Genom Enstitüsü Sosyal Yardım Departmanı, Ulusal İnsan Genomu Araştırma Enstitüsü'nün Azınlık Eylem Planına cevaben 2003 yılında kurulmuştur . Başlangıcından bu yana, Outreach, K-12 öğrencilerini ve genel olarak toplumu genomik ve McDonnell Genom Enstitüsü'nün bu alanda oynadığı rol konusunda eğitmeye hizmet eden faaliyetler yürütmüştür. Sosyal yardım, turlar, sunumlar, bilim fuarları ve çeşitli tesis dışı ziyaretler aracılığıyla binlerce müşteriye ev sahipliği yaptı. Bölüm, amacı genomik / genetik alanında doktora yapan az temsil edilen azınlıkların sayısını artırmak olan Genomik Araştırmalarında Fırsatlar kurdu. OGR kapsamında, lisans öğrencileri (Lisans Bursiyerleri) ve yeni üniversite mezunları (Kapsamlı Eğitim) için araştırma fırsatları sağlayan iki program uygulanmıştır.

Tesisler

McDonnell Genom Enstitüsü, 4444 Forest Park Avenue adresinde, St. Louis, Missouri'deki Washington Üniversitesi Tıp Fakültesi kampüsünde yer almaktadır. Metrolink (Orta Batı Sonu İstasyonu) ile erişilebilir .

McDonnell Genome Institute, caddenin karşısında 222 Newstead Caddesi'nde bulunan ayrı bir veri merkezine sahiptir. 20 milyon dolarlık, 16.000 fit karelik veri merkezi, 100'den fazla yüksek yoğunluklu hesaplama ve depolama sistemi rafını barındırabilen tamamen yedekli güç ve soğutma sistemleriyle inşa edildi.

McDonnell Genom Enstitüsü'nün veri merkezi, Tıp Fakültesi kampüsündeki ilk "yeşil" binadır ve ABD Yeşil Bina Konseyi tarafından Enerji ve Çevre Tasarımında Liderlik (LEED) Altın statüsü almıştır . Veri merkezi ayrıca yükseltilmiş zeminler, yedek güç ve soğutma ile donatılmış, 1.200 fit karelik (110 m 2 ) eski bir sunucu odasına da ev sahipliği yapıyor .

Referanslar

Dış bağlantılar

Koordinatlar : 38 ° 38′13.7 ″ N 90 ° 15′24.8 ″ W  /  38.637139 ° K 90.256889 ° B  / 38.637139; -90.256889