Rho faktörü - Rho factor

Transkripsiyon sonlandırma faktörü Rho
PDB 1pv4 EBI.jpg
Rho faktör homohexamer
Tanımlayıcılar
Organizma E. coli
Sembol rho
UniProt P0AG30

Bir ρ faktörü ( Rho faktörü ) a, prokaryotik bir protein yer sonlandırma bölgesinin transkripsiyonunu . Rho faktörü, belirgin sekonder yapıdan yoksun C bakımından zengin / G bakımından fakir dizilerde açık okuma çerçevesinden sonra tek sarmallı RNA'nın (72 nükleotidlik bir uzantı) maruz kalan bir bölgesi olan transkripsiyon sonlandırıcı duraklama alanına bağlanır .

Rho faktörü, prokaryotlarda önemli bir transkripsiyon proteinidir. İn Escherichia coli , özdeş alt birimlerin bir ~ 274.6 kD heksamer olup. Her alt birim, bir RNA bağlama alanına ve bir ATP - hidroliz alanına sahiptir. Rho, nükleik asitleri tüm heksamerin etrafında uzanan tek bir yarık etrafına sararak işlev gören ATP'ye bağımlı heksamerik helikazların RecA / SF5 ailesinin bir üyesidir . Rho, RNA polimeraz için yardımcı bir faktör olarak işlev görür .

Prokaryotlarda iki tür transkripsiyonel sonlandırma vardır: rho'ya bağlı sonlandırma ve içsel sonlandırma (aynı zamanda Rho'dan bağımsız sonlandırma olarak da adlandırılır). Rho bağımlı sonlandırıcılar, E. coli faktörüne bağımlı sonlandırıcıların yaklaşık yarısını oluşturur . E. coli'de keşfedilen diğer sonlandırma faktörleri arasında Tau ve nusA bulunur. Rho bağımlı sonlandırıcılar ilk olarak bakteriyofaj genomlarında keşfedildi .

Fonksiyon

Bir Rho faktörü, bir RNA substratı üzerinde etkilidir. Rho'nun temel işlevi, enerjinin RNA'ya bağımlı bir ATP hidrolizi tarafından sağlandığı sarmal aktivitesidir. Rho için başlangıç bağlanma alanı, bir uzar (~ 70 nükleotid, bazen 80-100 nükleotidleri) tek şeritli zengin bölgeyi sitozin ve zayıf guanin adlandırılan, r, ho ut ilisation sitesi ( tekerlek izi ), RNA içinde sentezlenen, gerçek sonlandırıcı dizinin yukarı akışı. Birkaç rho bağlanma sekansı keşfedilmiştir. Bunlar arasında bir fikir birliği yoktur, ancak dizideki küçük mutasyonlar işlevini bozduğu için farklı dizilerin her biri spesifik görünür. Rho, RNA'ya bağlanır ve daha sonra , hibrit dupleks yapıyı çözdüğü RNA-DNA sarmal bölgesine ulaşana kadar RNA boyunca yer değiştirecek enerjiyi sağlamak için ATPase aktivitesini kullanır . RNA polimeraz, Rho'ya duyarlı duraklama bölgesi olarak adlandırılan Rho bağlanma bölgesinden yaklaşık 100 nt uzakta spesifik bir bölge olduğu için sonlandırma dizisinde durur. Bu nedenle, RNA polimeraz, Rho'dan saniyede yaklaşık 40 nt daha hızlı olmasına rağmen, RNA polimeraz Rho faktörünün yakalanmasına izin verdiği için Rho sonlandırma mekanizması için bir sorun teşkil etmez.

Kısacası, Rho faktörü, ATP'ye bağlı bir çözücü enzim olarak hareket eder, yeni oluşan RNA molekülü boyunca 3 ′ ucuna doğru hareket eder ve ilerledikçe onu DNA şablonundan çözer.

Mutasyonlar

Bir operonun bir genindeki saçma bir mutasyon , birimdeki sonraki genlerin translasyonunu engeller. Bu etkiye mutasyonel polarite denir. Yaygın bir neden, ünitenin sonraki (uzak) kısımlarına karşılık gelen mRNA'nın olmamasıdır . Kopyalama birimi içinde, yani genellikle kullanılan sonlandırıcıdan önce Rho'ya bağlı sonlandırıcılar olduğunu varsayalım. Normalde bu eski sonlandırıcılar kullanılmaz, çünkü ribozom Rho'nun RNA polimeraza ulaşmasını engeller. Ancak anlamsız bir mutasyon ribozomu serbest bırakır, böylece Rho, RNA'ya bağlanmakta ve / veya RNA boyunca hareket etmekte serbesttir, böylece sonlandırıcıda RNA polimeraz üzerinde etki etmesini sağlar. Sonuç olarak enzim serbest bırakılır ve transkripsiyon biriminin uzak bölgeleri asla transkripsiyona tabi tutulmaz.

Ayrıca bakınız

Referanslar

Dış bağlantılar