politomi - Polytomy
Bir filogenetik ağaç bir iç düğüm olarak tanımlanan saçaklanmanın / p'nin ə l ɪ t əm I / veya multifurcation (i) bir kök ağaç ve üç ya da daha fazla alt alt ağaçlar ya da (ii) içinde bağlantılıdır dört veya daha fazla dala bağlı köksüz ağaç. Herhangi bir multifurkasyon içeren bir ağaç, multifurkasyonlu bir ağaç olarak tanımlanabilir.
Yumuşak politomiler ve sert politomiler
İki tür politomi tanınır, yumuşak ve sert politomiler.
Yumuşak politomiler , yetersiz filogenetik bilginin sonucudur : soylar farklı zamanlarda birbirinden ayrılsa da - bu soylardan bazılarının diğerlerinden daha yakın akraba olduğu ve mevcut verilerin bunun tanınmasına izin vermediği anlamına gelir. Çoğu politomi yumuşaktır, yani daha iyi veriler mevcut olsaydı tipik bir ikilik ağacına çözülürlerdi.
Buna karşılık, katı bir politomi , üç veya daha fazla soyun gerçek bir ayrılma olayını temsil eder.
Uygulamalar
Bir politomi için yorumlar, filogenetik ağaçta temsil edilen bireylere bağlıdır.
tür politomileri
Filogenetik ağaçtaki soylar türleri temsil ediyorsa, bir politomi üç veya daha fazla türün aynı anda türleşmesini gösterir. Belirli durumlarda, örneğin menzilini hızla genişleten veya yüksek oranda panmiktik olan bir tür, farklı bölgelerde peripatrik türleşmeye maruz kaldığında , yaygın olabilir .
Bir örnek, Drosophila simulans tür kompleksidir . Burada ata, iki adayı aynı anda ama bağımsız olarak kolonileştirmiş gibi görünüyor, bu da iki eşit yaşlı ama farklı şekilde evrimleşmiş yavru türler veriyor.
moleküler politomiler
Belirli bir genin DNA dizisi verilerinden bir filogenetik ağaç yeniden yapılandırılırsa, üç veya daha fazla örneklenmiş gen, atalarını bir ata organizmasında tek bir gene kadar takip ettiğinde, katı bir politomi ortaya çıkar. Buna karşılık, yumuşak bir politomi, gen ağaçlarındaki sonlu zamansal süreye sahip ancak hiçbir ikame gerçekleşmemiş dallardan kaynaklanır.
Sert politomileri tanımak
Olarak DNA sekansı, evrim genellikle çok daha hızlı bir kompleks evrimi daha fenotipik özellikleri, bütün ata eğer gerçek organizma değişmedi ise genetik soylar, birbirinden kısa bir süre sapmak olabilir popülasyon olarak kabul edilir. Bir popülasyondaki herhangi bir birey, herhangi bir popülasyonda genetik olarak benzerse çok az olduğundan - özellikle soy sınıflandırması geniş ölçüde ilerlemediyse - zor politomiler gerçekten nadir olabilir veya her bir bireysel organizmanın tüm genomu düşünüldüğünde, ancak oldukça yaygın olabilir. üzerinde nüfus genetik bütün halinde seviyesinde türler popülasyonları ırk karışımı olarak kabul edilir (ayrıca bkz tür kavramı ).
"Aynı zamanda meydana gelen türleşme veya soy farklılığı olayları" , yeni özelliklerin (örn. germline noktası mutasyonları ) aktarılabilmesinin tek yolu olduğundan, nesiller halinde ölçülen evrimsel zamanı ifade eder . Pratik açıdan, sert ve yumuşak saçaklanmasıyla ayırt yeteneği sınırlıdır: Örneğin, eğer a kilobaz arasında DNA dizileri yaklaşık% 1 milyon başına yılda mutasyona incelendiğinde, aynı 100,000 yıl içinde aynı atadan ayrılan soyların güvenilir ayırt edilemez hangisinin önce ayrıldığına gelince.
Kurucu etkiler ve genetik sürüklenme , farklı evrim oranlarına neden olabilir. Bu, moleküler saat algoritmalarını, zor politomilerin tanınmaz hale geldiği noktaya kolayca karıştırabilir .