Bentley ve daha sonra Gurewitz, 1986'da Bad Religion'a geri döndü ve beş parçalı kadro, Finestone 1991'de tekrar ayrılmadan önce üç yıl içinde üç albüm yayınladı. Yerine , grupla ilk albümü 1992'de Generator olan Bobby Schayer geldi. After Bad Din, Atlantic Records ile anlaştı ve 1994'te Stranger than Fiction'ı yayınladı , Gurewitz gruptan tekrar ayrıldı. Albümün yayınlanmasından kısa bir süre sonra Brian Baker , Gurewitz'in gruptaki yerini aldı. Üç albümden sonra, Schayer 2001 yılında omuz sakatlığı nedeniyle gruptan ayrıldı ve yerine Brooks Wackerman geçti . Aynı zamanlarda, Gurewitz üçüncü kez gruba geri döndü. Uzun süredir gitarist olan Hetson , 2013'te ayrıldı ve yerine Mike Dimkich geçti ve 2016'da Jamie Miller , Avenged Sevenfold'a katıldıktan sonra Wackerman'ın yerini aldı .