asidofil - Acidophile
Asidofiller veya asidofilik organizmalar , oldukça asidik koşullar altında (genellikle pH 2.0 veya altında) gelişenlerdir. Bu organizmalar farklı branşlarda bulunabilir hayat ağacı da dahil, Arke , Bakterilerin ve ökaryotlarının .
asidofilik organizmaların listesi
Bu organizmaların bir listesi şunları içerir:
Arkea
- Sulfolobales , bir düzen Crenarchaeota dalı arkelerinkinden
- Thermoplasmatales , Archaea'nın Euryarchaeota dalında bir sipariş
- ARMAN , Archaea'nın Euryarchaeota şubesinde
- Acidianus brierleyi , A. infernus , fakültatif anaerobik termoasidofilik arkebakteriler
- Halarchaeum acidiphilum ait acidophilic üyesi Halobacteriacaeae
- Metallosphaera sedula , termoasidofilik
bakteri
- Acidobacteria , bir Bakteri filumu
- Acidithiobacillales , bir Proteobacteria takımı örn. A.ferrooxidans, A. thiooxidans
- Thiobacillus prosperus, T. acidophilus, T. organovorus, T. cuprinus
- Acetobacter aceti ,etanolün oksidasyonundan asetik asit (sirke)üreten bir bakteri.
- Alicyclobacillus , meyve sularını kontamine edebilen bir bakteri cinsidir.
ökarya
- Mukor rasemozus
- Urotricha
- Dunaliella asidofila
Asidik ortamlara uyum mekanizmaları
Çoğu asidofil organizma , sitoplazmayı nötr pH'da veya yakınında tutmak için protonları hücre içi boşluktan dışarı pompalamak için son derece etkili mekanizmalar geliştirmiştir . Bu nedenle, hücre içi proteinlerin evrim yoluyla asit stabilitesi geliştirmesi gerekmez. Bununla birlikte, Acetobacter aceti gibi diğer asidofiller, genomdaki neredeyse tüm proteinleri asit stabilitesini geliştirmeye zorlayan asitlenmiş bir sitoplazmaya sahiptir. Bu nedenle, Acetobacter aceti , proteinlerin asit stabilitesine ulaşma mekanizmalarını anlamak için değerli bir kaynak haline gelmiştir.
Düşük pH'a adapte edilmiş protein çalışmaları, proteinlerin asit stabilitesini sağlayabildiği birkaç genel mekanizmayı ortaya çıkarmıştır. Asit kararlı proteinlerin çoğunda (pepsin ve Sulfolobus acidocaldarius'tan gelen soxF proteini gibi ), pozitif yükün birikmesiyle indüklenen düşük pH dengesizliğini en aza indiren fazla miktarda asidik kalıntı vardır. Diğer mekanizmalar, asidik kalıntıların solvent erişilebilirliğinin en aza indirilmesini veya metal kofaktörlerin bağlanmasını içerir. Asit stabilitesinin özel bir durumunda, Nocardiopsis alba'dan elde edilen NAPase proteininin , açılma sürecinde önemli bir rol oynayan bölgelerden uzağa, aside duyarlı tuz köprülerinin yerini değiştirdiği gösterilmiştir . Bu kinetik asit stabilitesi durumunda, protein ömrü, hem asidik hem de bazik olmak üzere geniş bir pH aralığında gerçekleştirilir.
Ayrıca bakınız
Referanslar
daha fazla okuma
- Cooper, JB; Han, G.; Taylor, G.; Tickle, IJ; Blundell, TL (Temmuz 1990). "Aspartik proteinazların X-ışını analizleri. II. Domuz pepsinin altıgen kristal formunun 2.3 A çözünürlükte üç boyutlu yapısı". J Mol Biol . 214 (1): 199–222. doi : 10.1016/0022-2836(90)90156-G . PMID 2115088 .
- Bonisch, H.; Schmidt, CL; Schafer, G.; Ladenstein, R. (Haziran 2002). "1.1 A çözünürlükte bir arke Rieske demir-kükürt proteininin çözünür alanının yapısı". J Mol Biol . 319 (3): 791-805. doi : 10.1016/S0022-2836(02)00323-6 . PMID 12054871 .
- Schafer, K; Magnusson, U; Scheffel, F; Schiefner, A; Sandgren, MO; Diederichs, K; Welte, W; Hülsmann, A; Schneider, E; Mowbray, SL (Ocak 2004). "Termoasidofilik bakteri Alicyclobacillus acidocaldarius'un maltoz-maltodekstrin bağlayıcı proteininin X-ışını yapıları, proteinlerin asit stabilitesi hakkında bilgi sağlar" . Moleküler Biyoloji Dergisi . 335 (1): 261–74. doi : 10.1016/j.jmb.2003.10.042 . PMID 14659755 .
- Walter, RL; Ealick, SE; Friedman, AM; Blake, RC 2.; Proctor, P.; Shoham, M. (Kasım 1996). "Rustikyaninin çoklu dalga boyu anormal kırınım (MAD) kristal yapısı: aşırı asit kararlılığına sahip yüksek oranda oksitleyici bir cupredoxin". J Mol Biol . 263 (5): 730–51. doi : 10.1006/jmbi.1996.0612 . PMID 8947572 .
- Botuyan, MV; Toy-Palmer, A.; Chung, J.; Blake, RC 2.; Beroza, P.; Dava, DA; Dyson, HJ (1996). "Tiobacillus ferrooxidans kaynaklı Cu(I) rustikyaninin NMR çözelti yapısı: aşırı asit kararlılığı ve redoks potansiyeli için yapısal temel". J Mol Biol . 263 (5): 752-67. doi : 10.1006/jmbi.1996.0613 . PMID 8947573 .
- Kelch, BA; Egemen, KP; Erciyas, FP; Humphris, EL; Thomason, AR; Mitsuiki, S.; Agard, DA (Mayıs 2007). "Asit direncinin yapısal ve mekanik keşfi: kinetik kararlılık ekstremofilik davranışın evrimini kolaylaştırır". J Mol Biol . 368 (3): 870-883. CiteSeerX 10.1.1.79.3711 . doi : 10.1016/j.jmb.2007.02.032 . PMID 17382344 .