Web etiketi - Webtag
Webtag , belirli bir genomda bulunmayan oligonükleotid dizilerini (genellikle etiketler veya çapalar olarak adlandırılır) sağlayan çevrimiçi bir biyoinformatik araçtır . Bu etiketler, ters transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu ( RT-PCR ) deneyleri için gene özel primerlere eklenebilir ve genomik DNA kontaminasyonunu atlatır .
Arka fon
RT-PCR, çok düşük kopya mRNA transkriptlerinin bile saptanması için kullanılan bir tekniktir . Tekniğin hassasiyeti aynı zamanda onu DNA kontaminasyonuna duyarlı hale getirir. Yana PCR arasında ayrım yapamaz olan cDNA hedefleri ve genomik DNA kontaminasyonu, yanlış pozitif ve / veya hatalı nicel sonuçlar mümkündür.
Transkripsiyonel çalışmalarda genomik DNA kontaminasyonunun üstesinden gelmek için, ters şablona özgü polimeraz zincir reaksiyonu, bir RT-PCR modifikasyonu kullanılır. Dizileri genomda bulunmayan etiketlerin kullanılması olasılığı, ters spesifik polimeraz zincir reaksiyonu deneylerini daha da geliştirir. Bir gene özgü primer veya poli-T kuyruğunun 5 'bölgesinde çapaların veya etiketlerin kullanılması, RNA'ya özgü amplifikasyona izin verir ve uygulanabilir bir strateji oluşturur. RS-PCR ve (EXACT) RT-PCR gibi teknikler, bu tür etiketlerin (genomik DNA'da bulunmayan benzersiz diziler) ilk sarmal cDNA'nın 5 'ucuna entegrasyonuna dayanır ve hassasiyet kaybı olmaksızın RNA'ya özgü amplifikasyona izin verir. .
Web etiketi
Bu web tabanlı hizmet, Tagenerator aracını temel alır, ancak çok hızlıdır çünkü tüm etiketler önceden oluşturulur ve bir veritabanında depolanır. Webtag, etiketin deneyde kullanılacak primerlerle etkileşimlerini hesaba kattığı için de önemli bir gelişmedir. Web tabanlı bir hizmet olarak sahip olmak aynı zamanda moleküler biyoloğun tüm bağımlılıkları kendi bilgisayarına indirip yüklemesi gerekmediği anlamına gelir.
Webtag, RT-PCR tabanlı deneyler için genom yokluğunu iyi hazırlama özellikleriyle birleştiren etiketler üretir. Bu tür etiketlerin kullanılması, kasıtlı olarak genomik DNA'nın PCR amplifikasyonuna neden olmayacak, cDNA'nın özel amplifikasyonuna izin verecek, dolayısıyla bir RNA örneğindeki genomik DNA kontaminasyonunun etkilerini ortadan kaldıracaktır.