Membranlar veritabanındaki Proteinlerin Yönleri - Orientations of Proteins in Membranes database

Membranlardaki Proteinlerin Yönleri ( OPM ) veritabanı , lipid çift katmanına göre membran protein yapılarının uzamsal konumlarını sağlar . Proteinlerin pozisyonları , lipit çift tabakasının örtük bir solvasyon modeli kullanılarak hesaplanır . Hesaplamaların sonuçları, membranlarda transmembran ve periferal proteinlerin uzamsal düzenine ilişkin deneysel çalışmalara karşı doğrulanmıştır .

Protein yapıları Protein Veri Bankasından alınır . OPM ayrıca, zara bağlı proteinlerin ailelere ve üst ailelere yapısal sınıflandırılmasını, zar topolojisini , zara bağlı durumdaki proteinlerin kuaterner yapısını ve her protein için bir hedef zarın türünü sağlar . Hesaplanan membran sınırları olan koordinat dosyaları indirilebilir. Site, Jmol aracılığıyla protein yapılarının membran sınır düzlemleriyle görselleştirilmesine izin verir .

Veritabanı, membranla ilişkili proteinlerin deneysel ve teorik çalışmalarında yaygın olarak kullanılmıştır. Bununla birlikte, birçok zara bağlı proteinin yapısı, zardaki uzamsal düzenlemeleri üç boyutlu yapıdan hesaplamalı olarak tahmin edilemiyorsa, veri tabanına dahil edilmez. Deneysel yapılarda proteinlerin tüm membran tutturucu kısımlarının ( amfifilik alfa helisler , maruz kalan polar olmayan kalıntılar veya lipide edilmiş amino asit kalıntıları ) eksik olduğu durum budur. Veritabanı ayrıca Protein Veri Bankası tarafından sağlanan yalnızca ana zincir atomları ile daha düşük çözünürlüklü yapıları içermez . Lipit çift tabakadaki daha düşük çözünürlüklü protein yapılarının hesaplanan uzamsal düzenlemeleri, PDBTM gibi diğer kaynaklarda bulunabilir.

Referanslar