Karşılaştırmalı Toksikogenomik Veritabanı - Comparative Toxicogenomics Database
Geliştirici(ler) | Kuzey Carolina Eyalet Üniversitesi Biyolojik Bilimler Bölümü ve Biyoinformatik Bölümü, MDI Biyoloji Laboratuvarı |
---|---|
İlk sürüm | 12 Kasım 2004 |
Uygun | İngilizce |
Tip | Biyoinformatik , veri analizi |
İnternet sitesi | ctdbase |
Karşılaştırmalı toksikogenomik Veritabanı ( CTD ) kimyasallar / ilaç, genler / proteinler, hastalıklar, taksa, fenotip, GO ek açıklamalar, yolların ve etkileşim modüllerin arasındaki ilişkileri açıklayan bilimsel verileri curates Kasım 2004'te başlatılan bir kamu web sitesi ve araştırma aracıdır. Veritabanı, Kuzey Karolina Eyalet Üniversitesi Biyolojik Bilimler Bölümü tarafından yönetilmektedir .
Arka plan
Karşılaştırmalı Toksikogenomik Veri Tabanı (CTD), kimyasallar, genler/proteinler, hastalıklar, taksonlar, fenotipler, GO açıklamaları, yollar ve etkileşim modülleri arasındaki ilişkileri açıklayan bilimsel verileri düzenleyen ve 12 Kasım 2004'te başlatılan bir kamu web sitesi ve araştırma aracıdır. veritabanı, North Carolina State Üniversitesi Biyolojik Bilimler Bölümü tarafından korunmaktadır.
Amaçlar ve hedefler
CTD'nin birincil hedeflerinden biri, toksikogenomik adı verilen bir alan olan çevresel kimyasalların insan sağlığı üzerindeki etkilerinin genetik düzeyde anlaşılmasını ilerletmektir .
Etiyolojisi çok kronik hastalığın önemli fizyolojik süreçleri modüle çevresel faktörler ve genler arası etkileşimleri kapsar. Kimyasallar çevrenin önemli bir bileşenidir. Gibi durumlar astım , kanser, diyabet , hipertansiyon , bağışıklık yetmezliği , ve Parkinson hastalığı ortamının etkisinde olduğu bilinen; bununla birlikte, bu korelasyonların altında yatan moleküler mekanizmalar iyi anlaşılmamıştır. CTD bu mekanizmaların çözülmesine yardımcı olabilir. CTD hakkında hakemli bilimsel makalelerin en güncel kapsamlı listesi yayınlar sayfasında mevcuttur.
Temel veri
CTD, biyoküratörlerin bilimsel literatürü okuduğu ve dört tür temel veriyi manuel olarak küratörlüğünü yaptığı benzersiz bir kaynaktır :
- Kimyasal-gen etkileşimleri
- Kimyasal-hastalık dernekleri
- Gen-hastalık ilişkileri
- Kimyasal-fenotip ilişkileri
Veri entegrasyonu
Yukarıdaki dört veri setini entegre ederek, CTD, çevresel olarak etkilenen hastalıkların altında yatan moleküler mekanizmaları aydınlatmak için varsayılan kimyasal-gen-fenotip-hastalık ağlarını otomatik olarak oluşturur.
Bu çıkarsanan ilişkiler istatistiksel olarak puanlanır ve sıralanır ve bilim adamları ve hesaplamalı biyologlar tarafından toksikogenomik mekanizmalar ve bunların insan sağlığı ile nasıl ilişkili olduğu hakkında test edilebilir hipotezler oluşturmak ve doğrulamak için kullanılabilir.
Kullanıcılar kimyasallar, genler, hastalıklar veya bu üç kavramdan herhangi biri arasındaki etkileşimler için bilimsel verileri keşfetmek için CTD'yi arayabilir. Halihazırda CTD, omurgalılar ve omurgasızlar için toksikogenomik verileri bütünleştirir.
CTD, bu veritabanlarından gelen verileri veya köprüleri entegre eder:
- ABD Ulusal Tıp Kütüphanesinde bulunan 400.000'den fazla kimyasalın bulunduğu bir sözlük olan ChemIDplus
- İlaç Bankası
- Kimyasal Güvenlik Projesi için Veri Altyapısı (diXa) Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü tarafından Kasım 2015 itibariyle karaciğer, böbrek ve kardiyovasküler hastalık üç alt kategorisinde 469 bileşik, 188 hastalık veri seti içeren Veri Ambarı.
- Gen Ontoloji Konsorsiyumu
- fıçı
- NCBI Entrez-Gen
- NCBI Yayıncılık
- NCBI Taksonomisi
- NLM Tıbbi Konu Başlıkları
- OMIM
- Reaktom