Karşılaştırmalı Toksikogenomik Veritabanı - Comparative Toxicogenomics Database

Karşılaştırmalı Toksikogenomik Veritabanı (CTD)
Geliştirici(ler) Kuzey Carolina Eyalet Üniversitesi Biyolojik Bilimler Bölümü ve Biyoinformatik Bölümü, MDI Biyoloji Laboratuvarı
İlk sürüm 12 Kasım 2004 ; 16 yıl önce ( 2004-11-12 )
Uygun İngilizce
Tip Biyoinformatik , veri analizi
İnternet sitesi ctdbase .org

Karşılaştırmalı toksikogenomik Veritabanı ( CTD ) kimyasallar / ilaç, genler / proteinler, hastalıklar, taksa, fenotip, GO ek açıklamalar, yolların ve etkileşim modüllerin arasındaki ilişkileri açıklayan bilimsel verileri curates Kasım 2004'te başlatılan bir kamu web sitesi ve araştırma aracıdır. Veritabanı, Kuzey Karolina Eyalet Üniversitesi Biyolojik Bilimler Bölümü tarafından yönetilmektedir .

Arka plan

Karşılaştırmalı Toksikogenomik Veri Tabanı (CTD), kimyasallar, genler/proteinler, hastalıklar, taksonlar, fenotipler, GO açıklamaları, yollar ve etkileşim modülleri arasındaki ilişkileri açıklayan bilimsel verileri düzenleyen ve 12 Kasım 2004'te başlatılan bir kamu web sitesi ve araştırma aracıdır. veritabanı, North Carolina State Üniversitesi Biyolojik Bilimler Bölümü tarafından korunmaktadır.

Amaçlar ve hedefler

CTD'nin birincil hedeflerinden biri, toksikogenomik adı verilen bir alan olan çevresel kimyasalların insan sağlığı üzerindeki etkilerinin genetik düzeyde anlaşılmasını ilerletmektir .

Etiyolojisi çok kronik hastalığın önemli fizyolojik süreçleri modüle çevresel faktörler ve genler arası etkileşimleri kapsar. Kimyasallar çevrenin önemli bir bileşenidir. Gibi durumlar astım , kanser, diyabet , hipertansiyon , bağışıklık yetmezliği , ve Parkinson hastalığı ortamının etkisinde olduğu bilinen; bununla birlikte, bu korelasyonların altında yatan moleküler mekanizmalar iyi anlaşılmamıştır. CTD bu mekanizmaların çözülmesine yardımcı olabilir. CTD hakkında hakemli bilimsel makalelerin en güncel kapsamlı listesi yayınlar sayfasında mevcuttur.

Temel veri

CTD, biyoküratörlerin bilimsel literatürü okuduğu ve dört tür temel veriyi manuel olarak küratörlüğünü yaptığı benzersiz bir kaynaktır :

  • Kimyasal-gen etkileşimleri
  • Kimyasal-hastalık dernekleri
  • Gen-hastalık ilişkileri
  • Kimyasal-fenotip ilişkileri

Veri entegrasyonu

Yukarıdaki dört veri setini entegre ederek, CTD, çevresel olarak etkilenen hastalıkların altında yatan moleküler mekanizmaları aydınlatmak için varsayılan kimyasal-gen-fenotip-hastalık ağlarını otomatik olarak oluşturur.

Bu çıkarsanan ilişkiler istatistiksel olarak puanlanır ve sıralanır ve bilim adamları ve hesaplamalı biyologlar tarafından toksikogenomik mekanizmalar ve bunların insan sağlığı ile nasıl ilişkili olduğu hakkında test edilebilir hipotezler oluşturmak ve doğrulamak için kullanılabilir.

Kullanıcılar kimyasallar, genler, hastalıklar veya bu üç kavramdan herhangi biri arasındaki etkileşimler için bilimsel verileri keşfetmek için CTD'yi arayabilir. Halihazırda CTD, omurgalılar ve omurgasızlar için toksikogenomik verileri bütünleştirir.

CTD, bu veritabanlarından gelen verileri veya köprüleri entegre eder:

Referanslar

Dış bağlantılar