Moleküler varyans analizi - Analysis of molecular variance

Moleküler varyans analizi ( AMOVA ) , tipik olarak biyolojik olan tek bir türdeki moleküler algoritma için istatistiksel bir modeldir . İsim ve model ANOVA'dan esinlenmiştir . Yöntem, 1992 yılında Rutgers Üniversitesi'nde Laurent Excoffier , Peter Smouse ve Joseph Quattro tarafından geliştirilmiştir .

AMOVA'yı geliştirdiğinden beri, Excoffier bu tür analizleri yürütmek için bir program yazmıştır . Windows üzerinde çalışan bu programın adı Arlequin'dir ve Excoffier'in web sitesinde ücretsiz olarak mevcuttur. Ayrıca ade4 ve pegas paketlerinde R dilinde uygulamalar vardır , her ikisi de CRAN (Comprehensive R Archive Network) üzerinde mevcuttur. Başka bir uygulama da Windows üzerinde çalışan Info-Gen'dedir . Öğrenci versiyonu ücretsiz ve tamamen işlevseldir. Uygulamanın ana dili İspanyolcadır ancak İngilizce versiyonu da mevcuttur.

Ek bir ücretsiz istatistiksel paket olan GenAlEx, araştırmanın yanı sıra öğretime yöneliktir ve karmaşık genetik analizlerin yaygın olarak kullanılan Microsoft Excel arayüzünde kullanılmasına ve karşılaştırılmasına olanak tanır. Bu yazılım, AMOVA gibi analizlerin hesaplanmasının yanı sıra, F-istatistikleri ve Shannon indeksi ve daha fazlası dahil olmak üzere diğer yakından ilişkili istatistik türleriyle karşılaştırmalara izin verir.

Referanslar

  1. ^ Excoffier, L; Smouse, Pe; Quattro, Jm (Haziran 1992). "DNA haplotipleri arasındaki metrik mesafelerden çıkarılan moleküler varyans analizi: insan mitokondriyal DNA kısıtlama verilerine uygulama" (Serbest tam metin) . Genetik . 131 (2): 479–91. ISSN   0016-6731 . PMC   1205020 . PMID   1644282 .
  2. ^ Peakall, R. ve Smouse PE (2012) GenAlEx 6.5: Excel'de genetik analiz. Öğretim ve araştırma için nüfus genetik yazılımı - bir güncelleme. Bioinformatics 28, 2537–2539.

Dış bağlantılar