18S ribozomal RNA - 18S ribosomal RNA

18S ribozomal RNA (kısaltılmış 18S rRNA ), ribozomal RNA'nın bir parçasıdır . 18S'deki S, Svedberg birimlerini temsil eder . 18S rRNA, ökaryotik ribozomal küçük alt birimin ( 40S ) bir bileşeni olan bir SSU rRNA'dır . 18S rRNA, ökaryotik sitoplazmik ribozomların küçük bileşeni için yapısal RNA'dır ve bu nedenle tüm ökaryotik hücrelerin temel bileşenlerinden biridir.

18S rRNA ökaryotik olan sitozolik homologu , 16S ribozomal RNA içinde prokaryotlar ve mitokondri .

18S rRNA'yı kodlayan genler , 18S rRNA genleri olarak anılır . Bu genlerden elde edilen dizi verileri, moleküler analizde, özellikle omurgalılarda, organizmaların evrimsel tarihini yeniden yapılandırmak için yaygın olarak kullanılmaktadır, çünkü yavaş evrimsel hızı, onu eski farklılıkları yeniden yapılandırmaya uygun hale getirmektedir.

Filogenide kullanır

Küçük alt birim (SSU) 18S rRNA geni , filogenetik çalışmalarda en sık kullanılan genlerden biridir ve çevresel biyoçeşitlilik taramasında rastgele hedef polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) için önemli bir belirteçtir . Genel olarak, evrensel primerlerin kullanımına izin veren yüksek oranda korunmuş kuşatma bölgeleri nedeniyle rRNA gen dizilerine erişim kolaydır . Genom içindeki tekrarlayan düzenlemeleri, en küçük organizmalarda bile PCR için aşırı miktarda şablon DNA sağlar. 18S geni, ribozomal fonksiyonel çekirdeğin bir parçasıdır ve tüm canlı varlıklarda benzer seçici kuvvetlere maruz kalır. Bu nedenle, 18S dizilerine dayanan ilk büyük ölçekli filogenetik çalışmalar yayınlandığında ( örneğin , Field ve diğerleri , 1988), gen, metazoan hayat ağacını yeniden inşa etmek için birincil aday olarak kutlandı . 18S dizileri sonradan yarılması için kanıt sağladı Ecdysozoa ve Lophotrochozoa daldaki böylece metazoan ilişkileri anlayışımızda En son devrimci değişime katkıda (ortak atadan ve tüm çizgisel soyundan oluşan organizmaların monofiletik grubuna).

2000'lerin ikinci yarısında ve moleküler filogenilere dahil edilen taksonların sayısının artmasıyla birlikte, iki sorun ortaya çıktı. İlk olarak, Solenogastres ve Tryblidia yumuşakça sınıfları , seçilen çift ​​kabuklu taksonlar ve esrarengiz kabuklular sınıfı Remipedia gibi belirli taksonların temsilcilerinde hakim olan sıralama engelleri vardır . Tek taksonun 18S sekanslarının elde edilememesi yaygın bir fenomen olarak kabul edilir, ancak nadiren rapor edilir. İkinci olarak, başlangıçtaki yüksek umutların aksine, 18S tüm taksonomik seviyelerde düğümleri çözemez ve etkinliği sınıflar arasında önemli ölçüde değişir. Bu, kısa sürelerdeki hızlı eski radyasyonun bir etkisi olarak tartışılmıştır. Multigen analizlerinin şu anda Metazoa'daki derin dallanma olaylarını izlemek için daha güvenilir sonuçlar verdiği düşünülmektedir, ancak 18S hala filogenetik analizlerde yaygın olarak kullanılmaktadır.

Referanslar

Bu makale, referanstan CC-By-2.0 metnini içermektedir.